Nació en 1931, en España. Con tan sólo siete años perdió a su madre en un bombardeo en Barcelona por la aviación nacional, hecho que probablemente ha influido en su rechazo de la España conservadora. Sus hermanos son escritores comprometidos políticamente, José Agustín Goytisolo y Luis Goytisolo.

En 1956 vivió en París y trabajó como asesor literario de la editorial Gallimard, esto lo convirtió en uno de los españoles más influyentes en el extranjero. Entre 1969 y 1975 fue profesor de literatura en universidades de California, Boston y Nueva York. También ha sido corresponsal de guerra Chechenia y Bosnia para el diario español El País .

Juan Goytisolo ha trabajado con el ensayo, la narrativa, el reportaje y la literatura de viajes. En abril de 2007 se denominó en su honor a la biblioteca del Instituto Cervantes de Tánger con el nombre de Biblioteca Juan Goytisolo. Entre los premios que ha recibido este escritor destacan: el Premio Europalia (1985), Premio Nelly Sachs (1993), Premio Octavio Paz de Literatura (2002) y Premio Juan Golfo (2004).

Entre sus obras de narrativa se pueden mencionar: Juegos de manos (1954), Duelo en el Paraíso (1955), El circo (1957), Fiestas (1958), La resaca (1958), Para vivir aquí (1960), La isla (1961), La Chanca (1962), Fin de Fiesta. Tentativas de interpretación de una historia amorosa (1962), Señas de identidad (1966), Reivindicación del conde don Julián (1970), Juan sin Tierra (1975), Makbara (1980), Paisajes después de la batalla (1982), Las virtudes del pájaro solitario (1988), La cuarentena (1991), La saga de los Marx (1993), El sitio de los sitios (1995), Las semanas del jardín (1997), Carajicomedia (2000) y Telón de boca (2003), entre otras.